Stolypin sinh ra ở Dresden, Sachsen, vào ngày 14 tháng 4 năm 1862, trong một gia đình người Nga giàu có thuộc tầng lớp quý tộc. Về họ nội, Stolypin có quan hệ với nhà thơ Mikhail Lermontov. Cha ông là Arkady Dmitrievich Stolypin (1821-1899), một địa chủ người Nga, con cháu của một gia đình quý tộc uy quyền, từng chỉ huy đội pháo binh Nga và sau đó là Sĩ quan chỉ huy của Điện Kremlin. Thân mẫu ông là Natalia Mikhailovna Stolypina (née Gorchakova; 1827-1889), con gái của Bộ trưởng Ngoại giao Nga Alexander Mikhailovich Gorchakov. Ông nhận được nền giáo dục tốt ở Trường Đại học Sankt-Peterburg và bắt đầu phục vụ trong chính quyền sau khi tốt nghiệp năm 1885. Bốn năm sau Stolypin được bổ nhiệm làm quận trưởng vùng Kovno.[1]

Năm 1884, Stolypin cưới Olga Borisovna Neidhardt, người phụ nữ xuất thân trong một gia đình có quyền thế ở Moskva. Stolypin và Neidhardt có với nhau năm người con gái và một con trai.[2]